80年代以后，侯祥麟更为关切并考虑最多的，是我国石油化工事业的发展战略及石油化工科学技术的发展。为此，他提出了一个又一个的建议，为有关部门领导决策提供依据，推动了石油化工重大技术的开发应用。

1.充分利用好1亿吨石油。80年代初，石油加工、石油化工、石油化纤等这些环环相扣的工业企业，分别隶属于几个部门，正在建设中的几个大型生产基地，生产过程重复，装置不合理，原油利用亦很不合理。不少专家认为这种局面极需扭转。1981年侯祥麟在担任中国石油学会理事长时，积极组织石油化工方面的专家，研究如何用好我国每年生产的1亿吨原油，并在中国科协的组织下，主持了有150多人参加的论证会，经过座谈讨论，起草了《关于合理利用一亿吨石油的若干建议》上报国务院，受到国务院领导的重视，后被印成中央政治局参阅文件，发给参加省、市、自治区第一书记座谈会的同志。同年，国务院决定由副总理康世恩任组长，成立国务院石油化工、化纤综合利用规划小组。1982年9月，国务院常务会议决定对用好1亿吨石油和组建中国石油化工总公司进行具体研究，侯祥麟参加了论证。1983年7月，中共中央和国务院批准成立中国石油化工总公司，侯祥麟任总公司技术经济顾问委员会首席顾问。

2.积极推动裂解分离技术国产化。中国石油化工总公司成立不久，侯祥麟为发展石油化工的“龙头”技术—裂解分离技术，于1983年12月在北京集合有关顾问和几十名裂解分离专家开会，经研究后向总公司领导提出了《关于掌握和发展裂解分离技术问题的建议》。建议指出，裂解分离装置是石油化工的龙头，裂解分离技术的发展不仅能促进石油化学工业的发展，而且对整个石油化工的发展有全局性的影响，还能促进机械、仪表、钢铁和其他材料工业等许多工业部门的发展，必须立即着手抓住这一重要环节。建议首先确定裂解分离技术攻关目标，通过对引进装置消化吸收，以节能为中心的技术改造，提高科研、设计和设备制造的能力，以及开展应用基础研究和探索研究。这项建议得到总公司领导的采纳，并安排有关职能部门组织落实。此后，通过努力，分别在辽阳石油化纤公司和高桥石油化工公司开发成功了GBL-1和SH-1型炉，侯祥麟亲自主持了鉴定会。这项成果获得国家重大装备技术攻关一等奖。

3.极力推动高难度加氢裂化技术立足国内。为发展我国高难度加氢裂化技术，侯祥麟邀请有关顾问和我国加氢裂化技术各方面的专家，于1985年4月在上海石油化工总厂召开了加氢裂化、烷烃脱氢技术座谈会，向总公司领导提出了《关于加氢裂解和烷烃脱氢技术发展的几点建议》。指出：增产优质中间馏分，实现重油轻质化，总公司对此技术非抓不可。《建议》认真分析了我国技术力量，认为在加氢裂化方面已经有了一支队伍，有科研、设计、施工建设、开发生产以及催化剂研究、制造、材质检验等方面的专门人才，具备了以自力更生为主开发加氢裂化技术的条件。此后，侯祥麟了解到镇海石油化工总厂已有可能立项建设加氢裂化工业生产装置时，及时约请有关顾问和总公司的领导开会，分析有利条件和可能存在的困难与对策，于1986年4月与林华、张定一、李苏一起，写成了《关于镇海加氢裂化装置建设的建议》。建议经总公司领导研究后被采纳。经过多年奋斗，克服重重困难，镇海石油化工总厂加氢裂化装置已经建成投产。

4.大力推进催化裂解新技术开发应用。我国催化裂化技术早有较好的基础。不断提高和发展催化裂化技术以及利用催化裂化联产的丙烯发展我国石油化工，是侯祥麟几十年来一直给予特殊关注的课题。1987年初，侯祥麟得知石油化工科学研究院探索的以多产烯烃为目的的深度催化裂化(催化裂解)试验出现好苗头后，就大力给以扶植，亲自深入了解和指导，并请石化总公司有关职能部门给予支持。尽管还仅仅是小试结果，他要求石油化工科学研究院领导在总公司技术经济委员会上汇报介绍，并于1987年12月就如何抓好催化裂解正式写成书面意见给总公司领导。他与李人俊亲自审查中试方案，提出：中试做扎实后，有可能借鉴我国在催化裂化方面长期积累的经验，不必进行半工业实验，而直接进行工业化建设。中试进行过程中，侯祥麟于1988年5月亲自率领总公司有关人员，深入安庆石油化工总厂调查，提出在该总厂建设我国第一套催化裂解工业装置具有许多有利条件。中试完成后，侯祥麟亲自主持中试评议，建议总公司一方面为在安庆石油化工总厂建第一套工业装置创造条件，另一方面对下属企业中有积极性将催化裂化装置改成催化裂解装置的单位进行调研，尽早把中试成果扩大到工业应用中去。此后，在石油化工科学研究院和总公司各有关部门的共同努力下，济南炼油厂首先将催化裂化装置改成催化裂解装置，经长周期运转，表明技术可靠，经济效益显著。经国务院批准在安庆石油化工总厂建设的第一套大型催化裂解装置，“八五”期间建成投产；镇海石油化工总厂和荆门炼油厂的催化裂解装置正在准备建设中。

5.极力倡导基础理论研究。积40多年从事石油化工科研组织领导工作的实践经验，侯祥麟深感基础理论研究对石油化工科学技术进一步发展有重要作用，但以往石油化工科学研究多重视应用研究而忽视基础理论研究。为此他多次呼吁、极力倡导有关科研院所开展基础理论研究工作。他反复指出：石油加工工业是传统工业，在新的产业革命过程中仍具有十分重要的地位，必须不断研究各种新兴技术(如计算机、信息处理、系统工程、高性能新材料、生物工程包括酶工程等)的新成果如何应用到石油加工领域中去，以革新、改造石油加工技术；催化技术是石油加工，尤其是石油深度加工的主要手段，预期在今后的重要性仍会不断有所提高，如何应用各个领域的新技术成果来加深对催化过程的认识，加强催化反应的定向性，发展新型高效催化剂，缩短催化剂的研制周期，这些应是科研的重要方向；提高能源利用效率对于石油加工工业仍是一个重要的课题，还有很大潜力，应进一步深入试验研究，在流程上、加热方式上、热量回收上实现最优化，发展节省能源的新的分离过程，采用节省能源的机械设备；产品品种和质量虽受使用机具的一定制约，但也有一定的反作用，具有广阔的探索领域，要着眼于国际市场，发挥我国各种原油的特性，研制、生产出有竞争能力的新产品，探索新的加工方法。为此，必须特别重视和加强基础理论研究，才能使科研工作有创新的方向，才能赶上国际先进水平，否则只能永远落后。上述意见已为石油化工科研单位所接受，石油化工科学研究院在拟订2000年科技发展规划中，已作出安排，大力加强基础理论研究，成立专门研究室，并从科研经费、人员配备、奖金分配等方面采取措施，以保证基础理论研究计划的实施。